Протопопов А.В., Коньшин В.В. Визуализация химических структур и молекулярное моделирование: Методическое пособие по работе в химических редакторах. - Барнаул: Изд-во АлтГТУ, 2011. – 44 с.

  Скачать полный текст

       Одним из важнейших элементов химического исследования является анализ геометрической структуры соединений. Эта область науки получила название "структурная химия". Структурные формулы отражают связанность различных атомов в молекуле друг с другом. Классическим примером двумерной структурной модели является структурная формула бензола: брутто-формула C₆H₆ не позволяет передать взаимосвязи между атомами углерода кольца, в связи с чем возникает необходимость отображения структуры в виде геометрического образа - задача визуализации структуры. Еще более актуальной эта задача становится при изучении стереоизомеров. Конформационный анализ соединений требует использования трехмерных моделей молекул. До появления компьютеров в качестве таких моделей широко применялись механические модели молекул (модели Стьюарта-Бриглеба). За последнее десятилетие создано большое количество различных программных пакетов, позволяющих решать задачи визуализации как плоских, так и пространственных моделей молекул. Первые версии программ позволяли решать в основном задачи редактирования структурных формул и визуализации пространственных структур. В дальнейшем круг задач, решаемых с использованием специализированных «химических» программных пакетов, был расширен. В настоящее время наиболее мощные из них реализуют практически все основные задачи компьютерной химии, включая управление базами данных химических соединений, методы квантовой химии и численного моделирования.
       В данном пособии рассмотрены возможности двух наиболее популярных программных пакетов, позволяющих решать задачи редактирования структурных формул химических соединений и визуализации: ChemOffiсе и ACDLabs.